Test samotný, pojmenovaný operace „Crossroads“ (křižovatka), zanechal Independence z velké části zničenou, ale stále plující. Trup lodi byl následně odtažen do San Francisca na dekontaminaci. Povrchy byly začišťovány v pokusu o odstranění radioaktivity přímo v loděnicích Hunter´s point, kdy voda znečištěná radioaktivitou volně tekla z paluby do zátoky. V roce 1951 byla loď odtažena od pobřeží a potopena v hluboké vodě. Celá příhoda byla praktický příklad, jak NEDĚLAT operace, které mají co dočinění s nukleárními zbraněmi a radioaktivitou.
V roce 2009 byla loď nalezena Národní oceánografickou a atmosférickou asociací (NOAA) zhruba v půl kilometrové hloubce. V dubnu roku 2015 byl vrak prozkoumán sonarem autonomní ponorky, kterou poskytl Boeing.